Dalam melaksanakan tugas, Puslitbang Bioteknologi mempunyai fungsi:

• Penyusunan program dan rencana anggaran;
• Pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat dalam rangka peningkatan nilai tambah sumber daya hayati melalui aplikasi bioteknologi;
• Pengembangan kerjasama penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di bidang aplikasi bioteknologi dan sumber daya genetik;
• Pelaksanaan evaluasi kegiatan penelitian dan pengabdian masyarakat di bidang bioteknologi; dan
• Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat.