Dalam melaksanakan tugas, Puslitbang Laut, Pesisir dan Pulau-pulau Kecil mempunyai fungsi :

• Penyusunan program dan rencana anggaran;pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di bidang laut, pesisir dan pulau- pulau kecil yang meliputi ekosistem laut, pesisir dan pulau kecil, terumbu karang, padang lamun, kualitas perairan, dan pengelolaan wilayah pesisir terpadu.
• Pengembangkan kerjasama penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di bidang laut, pesisir dan pulau-pulau kecil.
• Pelaksanaan evaluasi kegiatan penelitian dan pengabdian masyarakat di bidang laut, pesisir dan pulau-pulau kecil.
• Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat.